O Centro de Apoio Operacional é dirigido, com base na Lei Complementar 02/90, por membro do Ministério Público, designado pelo Procurador Geral de Justiça.
Atualmente o Centro de Apoio Operacional é dirigido por uma Procuradora de Justiça, coordenando as atividades de Núcleos Operacionais, que integram a estrutura do Centro de Apoio respectivo. Cada Núcleo operacional é dirigido por um Promotor de Justiça, auxiliado por técnicos e estagiários.
O Centro de Apoio Operacional do Ministério Público de Sergipe, através de sua Secretaria, promove apoio técnico-operacional as Promotorias do interior e as especializadas da capital, mantendo arquivo de informações e pesquisas, destinadas aos integrantes da Instituição.